ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ

Πληροφορίες Μαθήματος
ΤίτλοςΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ / Bioinformatics
ΚωδικόςABA3
ΣχολήΘετικών Επιστημών
ΤμήμαΒιολογίας
Κύκλος / Επίπεδο2ος / Μεταπτυχιακό
Περίοδος ΔιδασκαλίαςΧειμερινή
Υπεύθυνος/ηΖαχαρίας Σκούρας
ΚοινόΌχι
ΚατάστασηΜη Ενεργό
Course ID40003395
Πληροφορίες Τάξης
ΤίτλοςΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Ακαδημαϊκό Έτος2018 – 2019
Περίοδος ΤάξηςΧειμερινή
Διδάσκοντες μέλη ΔΕΠ
Class ID
600132818
Τύπος Μαθήματος 2016-2020
  • Επιστημονικής Περιοχής
  • Ανάπτυξης Δεξιοτήτων
Τύπος Μαθήματος 2011-2015
Ειδικού Υποβάθρου / Κορμού
Τρόπος Παράδοσης
  • Πρόσωπο με πρόσωπο
Ηλεκτρονική Διάθεση Μαθήματος
Γλώσσα Διδασκαλίας
  • Ελληνικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
  • Αγγλικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
Μαθησιακά Αποτελέσματα
Εξοικείωση με αλληλουχίες βιολογικών μακρομορίων, με Βάσεις Δεδομένων και με τον τρόπο ανάκτησης πληροφοριών. Εξοικείωση με την οργάνωση των μεταγραφικών μονάδων προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών οργανισμών καθώς και ιών και την ανάλυσή τους σε φυλογενετικό και λειτουργικό επίπεδο με χρήση ειδικών προγραμμάτων Η/Υ καθώς και του διαδικτύου. Μελέτη των βασικότερων Βάσεων Βιολογικών Δεδομενών, των τύπων πληροφοριών που διατηρούν και των τρόπων αναζήτησης και ανάκτησης πληροφοριών από αυτές. Εξέταση των βασικών αρχών λειτουργίας προγράμματων που είναι διαθέσιμα στο διαδικτύο καθώς και standalone υπολογιστικών πακέτων που είναι απαραίτητα για την ανάλυση νουκλεοτιδικών και πρωτεϊνικών αλληλουχιών, τον καθορισμό μεταγραφικής μονάδας, την εύρεση θέσεων ενζύμων περιορισμού, το σχεδιασμό εκκινητών για την Αλυσιδωτή Αντίδραση Πολυμεράσης, την ανάλυση γονιδιωμάτων, την πρόβλεψη δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνικών μορίων κ.α. Εισαγωγή στη γονδιωματική/μεταγονιδιωματική και στα βιολογικά δίκτυα. Εξοικείωση με μεθοδολογίες δυαδικής και πολλαπλής στοίχισης νουκλεοτιδικών και πρωτεϊνικών αλληλουχιών, με έμφαση στους αλγόριθμους BLAST και Clustalw. Εξοικείωση με τα βήματα και τις μεθόδους κατασκευής φυλογενετικών δέντρων.
Γενικές Ικανότητες
  • Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
  • Εργασία σε διεπιστημονικό περιβάλλον
Περιεχόμενο Μαθήματος
Διαλέξεις: Βασικές αρχές λειτουργίας και χρήσης της νησίδας Η/Υ. Ορισμός, σχεδιασμός και δομή μιας βάσης δεδομένων. Στρατηγικές αναζήτησης. Ανάλυση και αξιολόγηση αποτελεσμάτων αναζήτησης. Ανάλυση ακολουθιών DNA και αμινοξέων. Ανάλυση μεταγραφικής μονάδας. Σχεδιασμός εκκινητών. Βασικές αρχές δομής, λειτουργίας και εξέλιξης γονιδιωμάτων. Βιολογικά δίκτυα. Αλγόριθμοι στοίχισης βιολογικών ακολουθιών. Μοντέλα εξέλιξης. Κατασκευή και αξιολόγηση φυλογενετικών δέντρων. Μεγάλης κλίμακας φυλογενετικές αναλύσεις και νέα εργαλεία. Μελλοντική βιοπληροφορική και εφαρμογές. Εργαστήρια: Στατιστική ανάλυση. Χρήση νησίδας Η/Υ. Βάσεις δεδομένων και στρατηγικές αναζήτησης. Ανάλυση ακολουθιών DNA και αμινοξέων. Ανάλυση μεταγραφικής μονάδας. Στοίχιση βιολογικών ακολουθιών και εύρεση μοτίβων. Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων.
Τύποι Εκπαιδευτικού Υλικού
  • Διαφάνειες
  • Πολυμεσικό υλικό
  • Διαδραστικές ασκήσεις
Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών
Χρήση Τ.Π.Ε.
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στη Διδασκαλία
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Εργαστηριακή Εκπαίδευση
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Επικοινωνία με τους φοιτητές
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Αξιολόγηση των Φοιτητών
Οργάνωση Μαθήματος
ΔραστηριότητεςΦόρτος ΕργασίαςECTSΑτομικάΟμαδικάErasmus
Διαλέξεις✓✓
Σεμινάρια✓✓
Εργαστηριακή Άσκηση✓✓
Μελέτη και ανάλυση βιβλίων και άρθρων✓✓
Φροντιστήριο✓✓
Διαδραστική διδασκαλία στο Υπολογιστικό Κέντρο✓✓
Σύνολο
Αξιολόγηση Φοιτητών
Περιγραφή
Εκπόνηση ομαδικής εργασίας και ανάπτυξή της ενώπιον των λοιπών φοιτητών της κατεύθυνσης και τριών καθηγητών. Βαθμολόγηση σε κλίμακα 0 ώς 10 [ελάχιστος προβιβάσιμος βαθμός το έξι (6)] με συμπλήρωση ειδικού εντύπου (Δελτίο Αξιολόγησης Εργασιών), ένα για κάθε φοιτητή.
Μέθοδοι Αξιολόγησης Φοιτητών
  • Γραπτή Εργασία (Διαμορφωτική, Συμπερασματική)
  • Προφορική Εξέταση (Διαμορφωτική, Συμπερασματική)
  • Δημόσια Παρουσίαση (Διαμορφωτική, Συμπερασματική)
  • Εργαστηριακή Εργασία (Διαμορφωτική, Συμπερασματική)
Βιβλιογραφία
Βιβλιογραφία μαθήματος (Εύδοξος)
Baxevanis A.D. & Ouellette F. (Ελληνική έκδοση). 2004. Βιοπληροφορική. Επιστημονικές Εκδόσεις Παρισιάνου Α.Ε. Αθήνα (Επιμέλεια ελληνικής έκδοσης: Ευάγγελος Ν. Μουδριανάκης, Σταύρος Ι. Χαμόδρακας).
Επιπρόσθετη βιβλιογραφία για μελέτη
β1. Ηλεκτρονικό υλικό στο Blackboard β2. Χρήσιμες ιστοσελίδες - National Center for Biotechnology Information (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ - European Bioinformatics Institute (EBI) http://www.ebi.ac.uk/ - Ensembl Genome Browser http://www.ensembl.org/index.html - PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed - Bionformatics (Oxford Journals) http://bioinformatics.oxfordjournals.org/ - Nucleic Acids Research (Oxford Journals) http://nar.oxfordjournals.org/ - Sequence Retrieval System (SRS) http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+srsq2+-noSession - Codon Usage Database http://www.kazusa.or.jp/codon/ - The Restriction Enzyme Database (REBASE) http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html - Genomatix Software Suite http://www.genomatix.de/cgi-bin/tools/tools.pl - Bioweb (Institut Pasteur) http://bioweb2.pasteur.fr/ - The GENSCAN Web Server at MIT http://genes.mit.edu/GENSCAN.html - Softberry http://linux1.softberry.com/berry.phtml - Phylogeny Programs http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html
Τελευταία Επικαιροποίηση
01-12-2015