ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ (Ε)

Πληροφορίες Μαθήματος
ΤίτλοςΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ (Ε) / BIOINFORMATICS
ΚωδικόςΝΠ47
ΣχολήΕπιστημών Υγείας
ΤμήμαΦαρμακευτικής
Κύκλος / Επίπεδο1ος / Προπτυχιακό
Περίοδος ΔιδασκαλίαςΕαρινή
ΚοινόΝαι
ΚατάστασηΕνεργό
Course ID180000288

Πληροφορίες Τάξης
ΤίτλοςΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ (Ε)
Ακαδημαϊκό Έτος2019 – 2020
Περίοδος ΤάξηςΕαρινή
Διδάσκοντες μέλη ΔΕΠ
Διδάσκοντες άλλων Κατηγοριών
Ώρες Εβδομαδιαία2
Class ID
600160953
Τύπος Μαθήματος 2016-2020
  • Επιστημονικής Περιοχής
  • Ανάπτυξης Δεξιοτήτων
Τύπος Μαθήματος 2011-2015
Ειδικού Υποβάθρου / Κορμού
Τρόπος Παράδοσης
  • Πρόσωπο με πρόσωπο
Ηλεκτρονική Διάθεση Μαθήματος
Γλώσσα Διδασκαλίας
  • Ελληνικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
  • Αγγλικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
Προαπαιτήσεις
Προαπαιτούμενα Μαθήματα
  • 84 ΜΟΡΙΑΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ
Γενικές Προαπαιτήσεις
Το μάθημα περιλαμβάνει πρακτική εξάσκηση των φοιτητών σε συγκεκριμένα σενάρια χρήσης βιοπληροφορικών εργαλείων και βάσεων δεδομένων. Η εξάσκηση θα γίνεται κατά τη διάρκεια του μαθήματος γι' αυτό οι φοιτητές θα πρέπει να έχουν μαζί τους ηλεκτρονικό υπολογιστή.
Μαθησιακά Αποτελέσματα
Οι φοιτητές με το πέρας των μαθημάτων θα είναι σε θέση: 1. Να αναγνωρίζουν τα είδη των προβλημάτων που μπορούν να επιλυθούν με τη βοήθεια μεθόδων Βιοπληροφορικής. 2. Να επιλέγουν και να χρησιμοποιούν σωστά τις κατάλληλες βάσεις δεδομένων και εργαλεία. 3. Να εφαρμόζουν τα υπολογιστικά βήματα των αναλύσεων και να αξιολογούν τα αποτελέσματα. 4. Να κατανοούν τις εφαρμογές της Βιοπληροφορικής στη διάγνωση και εξατομικευμένη θεραπεία.
Γενικές Ικανότητες
  • Εφαρμογή της γνώσης στην πράξη
  • Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
  • Αυτόνομη εργασία
  • Ομαδική εργασία
  • Εργασία σε διεπιστημονικό περιβάλλον
  • Παραγωγή νέων ερευνητικών ιδεών
Περιεχόμενο Μαθήματος
Το μάθημα αποτελείται από δύο βασικές ενότητες. Η πρώτη ενότητα αντιστοιχεί στις εβδομάδες 1-7 και πραγματεύεται τις εισαγωγικές έννοιες της Βιοπληροφορικής, τους βασικούς αλγορίθμους και τα προβλήματα στα οποία αυτοί βρίσκουν εφαρμογή. Μεταξύ αυτών μελετώνται οι αλγόριθμοι στοίχισης αλληλουχιών, τεχνικές μοντελοποίησης βιολογικής πληροφορίας καθώς και μέθοδοι λειτουργικής ανάλυσης γονιδίων και ανάλυσης/απεικόνισης μακρομορίων. Το πρακτικό μέρος της ενότητας αυτής περιλαμβάνει τη γνωριμία των φοιτητών με τις κυριότερες βάσεις δεδομένων και την εξοικείωσή τους με διαθέσιμα εργαλεία που υλοποιούν τις παραπάνω τεχνικές μέσα από αντιπροσωπευτικές ασκήσεις και σενάρια χρήσης που έχουν ιατρικές εφαρμογές. Η δεύτερη ενότητα αντιστοιχεί στις εβδομάδες 8-13 και επικεντρώνεται σε εφαρμογές της Βιοπληροφορικής στην Ιατρική με τη βοήθεια σύγχρονων τεχνικών επεξεργασίας οι οποίες ανταποκρίνονται στην ανάγκη: α) ανάλυσης πολύ μεγάλου όγκου δεδομένων και β) ενοποιημένης επεξεργασίας των δεδομένων αυτών. Περιγράφονται οι βασικές αρχές που διέπουν υψηλής απόδοσης τεχνολογίες όπως οι μικροσυστοιχίες και οι τεχνολογίες αλληλούχισης επόμενης γενιάς και αναλύονται τα βήματα υπολογιστικής ανάλυσης σε βασικές εφαρμογές αυτών, όπως ο εντοπισμός πολυμορφισμών και γονιδιακή έκφραση. Η εισαγωγή σε προγραμματιστικά περιβάλλοντα ολοκληρώνει τη δεύτερη ενότητα και αποσκοπεί στη γνωριμία των φοιτητών με εργαλεία απαραίτητα στις υπολογιστικές αναλύσεις και φιλικά προς τον χρήστη.
Λέξεις Κλειδιά
Βιοπληροφορική, αλγόριθμοι, ανάλυση -omics δεδομένων υψηλής απόδοσης
Τύποι Εκπαιδευτικού Υλικού
  • Σημειώσεις
  • Διαφάνειες
  • Διαδραστικές ασκήσεις
Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών
Χρήση Τ.Π.Ε.
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στη Διδασκαλία
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Εργαστηριακή Εκπαίδευση
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Επικοινωνία με τους φοιτητές
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Αξιολόγηση των Φοιτητών
Περιγραφή
Η διδασκαλία περιλαμβάνει διαλέξεις καθ’ έδρας και εργαστηριακές ασκήσεις με χρήση σύγχρονων οπτικοακουστικών μεθόδων, σημειώσεων μαθήματος, σύγχρονης βιβλιογραφίας (διαθέσιμη μέσω του αποθετηρίου ηλεκτρονικών συγγραμμάτων “Κάλλιπος”) και διαδικτυακού εκπαιδευτικού υλικού. Η μεθοδολογία διδασκαλίας ενθαρρύνει το συνεργατικό χαρακτήρα της μάθησης μέσα από τις εργασίες που θα αναλάβουν οι φοιτητές, καθώς και από τη δυνατότητα συζητήσεων και ανταλλαγής μηνυμάτων που παρέχεται από την υπηρεσία e-learning του Α.Π.Θ.
Οργάνωση Μαθήματος
ΔραστηριότητεςΦόρτος ΕργασίαςECTSΑτομικάΟμαδικάErasmus
Διαλέξεις150,5
Εργαστηριακή Άσκηση70,2
Συγγραφή εργασίας / εργασιών100,3
Εξετάσεις200,7
Σύνολο521,7
Αξιολόγηση Φοιτητών
Περιγραφή
Η αξιολόγηση περιλαμβάνει προαιρετικές εργασίες (ατομικές ή ομαδικές ανάλογα με το πλήθος των συμμετεχόντων), οι οποίες θα δίνουν επιπλέον μέχρι 2 μονάδες στη τελική βαθμολογία, καθώς και την τελική γραπτή εξέταση με τη μορφή ερωτήσεων κλειστού και ανοιχτού τύπου.
Μέθοδοι Αξιολόγησης Φοιτητών
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Πολλαπλής Επιλογής (Συμπερασματική)
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Σύντομης Απάντησης (Συμπερασματική)
  • Γραπτή Εργασία (Συμπερασματική)
Βιβλιογραφία
Επιπρόσθετη βιβλιογραφία για μελέτη
Αποθετήριο ηλεκτρονικών συγγραμμάτων “Κάλλιπος”: 1. Μπάγκος, Π., 2015. Βιοπληροφορική. [ηλεκτρ. βιβλ.] Αθήνα: Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών. Διαθέσιμο δωρεάν στο: http://hdl.handle.net/11419/5016 2. Νικολάου, Χ., Χουβαρδάς, Π., 2015. Υπολογιστική βιολογία. [ηλεκτρ. βιβλ.] Αθήνα: Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών. Διαθέσιμο δωρεάν στο: http://hdl.handle.net/11419/1577
Τελευταία Επικαιροποίηση
15-02-2019