ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ

Πληροφορίες Μαθήματος
ΤίτλοςΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ / BIOINFORMATICS
ΚωδικόςΜΝΝ301
ΣχολήΘετικών Επιστημών
ΤμήμαΦυσικής
Κύκλος / Επίπεδο2ος / Μεταπτυχιακό
Περίοδος ΔιδασκαλίαςΧειμερινή
ΚοινόΌχι
ΚατάστασηΕνεργό
Course ID40000168
Πληροφορίες Τάξης
ΤίτλοςΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Ακαδημαϊκό Έτος2020 – 2021
Περίοδος ΤάξηςΧειμερινή
Διδάσκοντες μέλη ΔΕΠ
Ώρες Εβδομαδιαία3
Class ID
600178963
Τύπος Μαθήματος 2016-2020
  • Επιστημονικής Περιοχής
Τύπος Μαθήματος 2011-2015
Ειδικού Υποβάθρου / Κορμού
Τρόπος Παράδοσης
  • Πρόσωπο με πρόσωπο
Ηλεκτρονική Διάθεση Μαθήματος
Γλώσσα Διδασκαλίας
  • Ελληνικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
  • Αγγλικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
Προαπαιτήσεις
Προαπαιτούμενα Μαθήματα
  • ΜΝΝ103 ΜΟΡΙΑΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΜΗΧΑΝΙΚΗ
Μαθησιακά Αποτελέσματα
Εξοικείωση με τις βασικότερες Βάσεων Βιολογικών Δεδομενών, των τύπων πληροφοριών που διατηρούν και των τρόπων αναζήτησης και ανάκτησης πληροφοριών από αυτές. Εξοικείωση με τη βασική οργάνωση της μεταγραφικής μονάδας. Εξέταση των βασικών αρχών λειτουργίας προγράμματων που είναι διαθέσιμα στο διαδικτύο καθώς και standalone υπολογιστικών πακέτων που είναι απαραίτητα για την ανάλυση νουκλεοτιδικών και πρωτεϊνικών αλληλουχιών, τον καθορισμό μεταγραφικής μονάδας, την εύρεση θέσεων ενζύμων περιορισμού, το σχεδιασμό εκκινητών για την Αλυσιδωτή Αντίδραση Πολυμεράσης, την ανάλυση γονιδιωμάτων, την πρόβλεψη δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνικών μορίων κ.α. Εξοικείωση με μεθοδολογίες δυαδικής και πολλαπλής στοίχισης νουκλεοτιδικών και πρωτεϊνικών αλληλουχιών, με έμφαση στους αλγόριθμους BLAST και Clustalw. Εξοικείωση με τα βήματα και τις μεθόδους κατασκευής φυλογενετικών δέντρων.
Γενικές Ικανότητες
  • Εφαρμογή της γνώσης στην πράξη
  • Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
  • Αυτόνομη εργασία
  • Ομαδική εργασία
  • Εργασία σε διεθνές περιβάλλον
  • Εργασία σε διεπιστημονικό περιβάλλον
  • Παραγωγή νέων ερευνητικών ιδεών
  • Άσκηση κριτικής και αυτοκριτικής
  • Προαγωγή της ελεύθερης, δημιουργικής και επαγωγικής σκέψης
Περιεχόμενο Μαθήματος
Ακολουθίες πρωτεϊνών και νουκλεϊκών οξέων. Ομοπαράθεση (alignment) ακολουθιών και ομολογία. Διαδίκτυο-Βάσεις δεδομένων-Λογισμικά. Πρόβλεψη δομής. Γενετικοί αλγόριθμοι. Μεταγραφική μονάδα. Σχεδιασμός εκκινητών. Εξοικείωση με βάσεις δεδομένων πρωτεϊνών-DNA. Πρόβλεψη δομής-λειτουργίας. Εξελικτικά δένδρα. Εικονικό εργαστήριο.
Λέξεις Κλειδιά
Βιοπληροφορική, υπολογιστική βιολογία, βάσεις δεδομένων, στοίχιση, φυλογένεση
Τύποι Εκπαιδευτικού Υλικού
  • Διαφάνειες
  • Διαδραστικές ασκήσεις
Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών
Χρήση Τ.Π.Ε.
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στη Διδασκαλία
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Εργαστηριακή Εκπαίδευση
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Επικοινωνία με τους φοιτητές
Περιγραφή
Παρουσιάσεις σε Power point, χρήση νησίδας υπολογιστών και ηλεκτρονική επικοινωνία με τους φοιτητές.
Οργάνωση Μαθήματος
ΔραστηριότητεςΦόρτος ΕργασίαςECTSΑτομικάΟμαδικάErasmus
Διαλέξεις301✓
Εργαστηριακή Άσκηση200,7✓
Διαδραστική διδασκαλία στο Υπολογιστικό Κέντρο100,3✓
Συγγραφή εργασίας / εργασιών150,5✓
Σύνολο752,5
Αξιολόγηση Φοιτητών
Περιγραφή
Εκπόνηση συλλογικής εργασίας και ανάπτυξή της ενώπιον των λοιπών φοιτητών.
Μέθοδοι Αξιολόγησης Φοιτητών
  • Γραπτή Εργασία (Συμπερασματική)
  • Προφορική Εξέταση (Συμπερασματική)
  • Δημόσια Παρουσίαση (Διαμορφωτική)
Βιβλιογραφία
Βιβλιογραφία μαθήματος (Εύδοξος)
Baxevanis A.D. & Ouellette F. (Ελληνική έκδοση). 2004. Βιοπληροφορική. Επιστημονικές Εκδόσεις Παρισιάνου Α.Ε. Αθήνα (Επιμέλεια ελληνικής έκδοσης: Ευάγγελος Ν. Μουδριανάκης, Σταύρος Ι. Χαμόδρακας).
Επιπρόσθετη βιβλιογραφία για μελέτη
β1. Ηλεκτρονικό υλικό στο Blackboard β2. Χρήσιμες ιστοσελίδες - National Center for Biotechnology Information (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ - European Bioinformatics Institute (EBI) http://www.ebi.ac.uk/ - Ensembl Genome Browser http://www.ensembl.org/index.html - PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed - Bionformatics (Oxford Journals) http://bioinformatics.oxfordjournals.org/ - Nucleic Acids Research (Oxford Journals) http://nar.oxfordjournals.org/ - Sequence Retrieval System (SRS) http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+srsq2+-noSession - Codon Usage Database http://www.kazusa.or.jp/codon/ - The Restriction Enzyme Database (REBASE) http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html - Genomatix Software Suite http://www.genomatix.de/cgi-bin/tools/tools.pl - Bioweb (Institut Pasteur) http://bioweb2.pasteur.fr/ - The GENSCAN Web Server at MIT http://genes.mit.edu/GENSCAN.html - Softberry http://linux1.softberry.com/berry.phtml - Phylogeny Programs http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html
Τελευταία Επικαιροποίηση
30-07-2013