ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ

Πληροφορίες Μαθήματος
ΤίτλοςΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ / BIOINFORMATICS
ΚωδικόςGM.MGB.6.7
ΣχολήΘετικών Επιστημών
ΤμήμαΒιολογίας
Κύκλος / Επίπεδο1ος / Προπτυχιακό
Περίοδος ΔιδασκαλίαςΕαρινή
Υπεύθυνος/ηΗλίας Καππάς
ΚοινόΌχι
ΚατάστασηΕνεργό
Course ID40001171

Πρόγραμμα Σπουδών: ΠΠΣ Τμήμα Βιολογίας (2017-σήμερα)

Εγγεγραμμένοι φοιτητές: 112
ΚατεύθυνσηΤύπος ΠαρακολούθησηςΕξάμηνοΈτοςECTS
Μοριακή Βιολογία, Γενετική και ΒιοτεχνολογίαΕπιλογής Α636
Περιβαλλοντική ΒιολογίαΕπιλογής636
ΓενικήΕπιλογής636
Πληροφορίες Τάξης
ΤίτλοςΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Ακαδημαϊκό Έτος2021 – 2022
Περίοδος ΤάξηςΕαρινή
Διδάσκοντες μέλη ΔΕΠ
Ώρες Εβδομαδιαία3
Class ID
600193271
Τύπος Μαθήματος 2016-2020
  • Επιστημονικής Περιοχής
  • Ανάπτυξης Δεξιοτήτων
Τύπος Μαθήματος 2011-2015
Ειδικού Υποβάθρου / Κορμού
Τρόπος Παράδοσης
  • Πρόσωπο με πρόσωπο
Ηλεκτρονική Διάθεση Μαθήματος
Erasmus
Το μάθημα προσφέρεται και σε φοιτητές προγραμμάτων ανταλλαγής.
Γλώσσα Διδασκαλίας
  • Ελληνικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
  • Αγγλικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
Προαπαιτήσεις
Γενικές Προαπαιτήσεις
ΜΟΡΙΑΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ, ΓΕΝΕΤΙΚΗ, ΕΞΕΛΙΞΗ ΚΑΙ ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΘΥΣΜΩΝ.
Μαθησιακά Αποτελέσματα
Με την επιτυχή παρακολούθηση του μαθήματος οι φοιτητές θα μπορούν να: α) εφαρμόζουν τις αρχές της πληροφορικής πάνω στην οργάνωση και κατανόηση της βιολογικής πληροφορίας, β) διαχειρίζονται, αξιολογούν και αναλύουν μοριακά δεδομένα με απώτερο σκοπό την εξαγωγή βιολογικών συμπερασμάτων, γ) χρησιμοποιούν τις πολυάριθμες βάσεις δεδομένων βιολογικής πληροφορίας μέσω του διαδικτύου, δ) χειρίζονται εργαλεία ανάκτησης, σύγκρισης και ανάλυσης βιολογικής πληροφορίας, ε) χρησιμοποιούν προγράμματα ηλεκτρονικών υπολογιστών και εξυπηρετητών διαδικτύου για την εύρεση ομολογίας, τη γενετική ανάλυση, την ανάλυση γονιδιωμάτων, τον καθορισμό τρισδιάστατης δομής μακρομορίων, τη φυλογενετική ανάλυση αλληλουχιών DNA και αμινοξέων, στ) περιγράφουν και κατηγοριοποιούν τα διαφορετικά μοντέλα εξέλιξης ακολουθιών DNA και πρωτεϊνών, ζ) κατασκευάζουν φυλογενετικά δέντρα και να εξάγουν συμπεράσματα για τις εξελικτικές σχέσεις οργανισμών/μορίων.
Γενικές Ικανότητες
  • Εφαρμογή της γνώσης στην πράξη
  • Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
  • Αυτόνομη εργασία
  • Ομαδική εργασία
  • Εργασία σε διεθνές περιβάλλον
  • Εργασία σε διεπιστημονικό περιβάλλον
  • Παραγωγή νέων ερευνητικών ιδεών
Περιεχόμενο Μαθήματος
Διαλέξεις: Ορισμός, σχεδιασμός και δομή μιας βάσης δεδομένων. Στρατηγικές αναζήτησης. Ανάλυση και αξιολόγηση αποτελεσμάτων αναζήτησης. Ανάλυση ακολουθιών DNA και αμινοξέων. Πρόβλεψη πρωτεϊνικών δομών. Ανάλυση μοτίβων. Σχεδιασμός εκκινητών. Στοίχιση και εύρεση ομολογίας αλληλουχιών. Μοντέλα εξέλιξης. Κατασκευή και αξιολόγηση φυλογενετικών δέντρων. Μελλοντική βιοπληροφορική και εξελίξεις στην υπολογιστική βιολογία. Εργαστήρια: Χρήση βάσεων δεδομένων και στρατηγικές αναζήτησης. Ανάλυση ακολουθιών DNA και αμινοξέων. Στοίχιση αλληλουχιών. Χρήση εξυπηρετητών διαδικτύου για εύρεση ομολογίας. Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων.
Λέξεις Κλειδιά
Βιοπληροφορική, Υπολογιστική βιολογία, Στοίχιση αλληλουχιών, Φυλογένεση, Βάση δεδομένων
Τύποι Εκπαιδευτικού Υλικού
  • Διαφάνειες
  • Διαδραστικές ασκήσεις
  • Βιβλίο
Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών
Χρήση Τ.Π.Ε.
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στη Διδασκαλία
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Εργαστηριακή Εκπαίδευση
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Επικοινωνία με τους φοιτητές
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Αξιολόγηση των Φοιτητών
Περιγραφή
Παρουσιάσεις σε Power Point, χρήση νησίδας υπολογιστών και ηλεκτρονική επικοινωνία με τους φοιτητές.
Οργάνωση Μαθήματος
ΔραστηριότητεςΦόρτος ΕργασίαςECTSΑτομικάΟμαδικάErasmus
Διαλέξεις301,2✓
Σεμινάρια20,1✓
Εργαστηριακή Άσκηση200,8✓
Μελέτη και ανάλυση βιβλίων και άρθρων602,4
Φροντιστήριο20,1✓
Διαδραστική διδασκαλία στο Υπολογιστικό Κέντρο120,5✓
Εξετάσεις241,0
Σύνολο1506
Αξιολόγηση Φοιτητών
Περιγραφή
1. Γραπτή εξέταση στην ύλη του μαθήματος (75% του τελικού βαθμού). ΕΞέταση με δοκιμασία πολλαπλών επιλογών και απάντηση σε ερωτήσεις γνώσης ή κρίσης. 2. Eργαστηριακές εξετάσεις γραπτές (25% του τελικού βαθμού): Περιλαμβάνει αξιολόγηση εργαστηριακής άσκησης.
Μέθοδοι Αξιολόγησης Φοιτητών
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Πολλαπλής Επιλογής (Συμπερασματική)
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Σύντομης Απάντησης (Συμπερασματική)
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Εκτεταμένης Απάντησης (Συμπερασματική)
  • Γραπτή Εργασία (Διαμορφωτική, Συμπερασματική)
  • Γραπτή Εξέταση με Επίλυση Προβλημάτων (Συμπερασματική)
Βιβλιογραφία
Βιβλιογραφία μαθήματος (Εύδοξος)
Βιοπληροφορική & Λειτουργική Γονιδιωματική, Jonathan Pevsner. Ακαδημαϊκές Εκδόσεις Ι. Μπάσδρα & ΣΙΑ Ο.Ε., Έκδοση 3η.
Επιπρόσθετη βιβλιογραφία για μελέτη
β1. Νικολάου Χ. 2016. Υπολογιστική Βιολογία. Ελληνικά Ακαδημαϊκά Ηλεκτρονικά Συγγράμματα και Βοηθήματα (www.kallipos.gr). β2. Ηλεκτρονικό υλικό στο Blackboard β3. Χρήσιμες ιστοσελίδες - National Center for Biotechnology Information (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ - European Bioinformatics Institute (EBI) http://www.ebi.ac.uk/ - Ensembl Genome Browser http://www.ensembl.org/index.html - PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed - Bionformatics (Oxford Journals) http://bioinformatics.oxfordjournals.org/ - Nucleic Acids Research (Oxford Journals) http://nar.oxfordjournals.org/ - Sequence Retrieval System (SRS) http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+srsq2+-noSession - Codon Usage Database http://www.kazusa.or.jp/codon/ - The Restriction Enzyme Database (REBASE) http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html - Genomatix Software Suite http://www.genomatix.de/cgi-bin/tools/tools.pl - Bioweb (Institut Pasteur) http://bioweb2.pasteur.fr/ - The GENSCAN Web Server at MIT http://genes.mit.edu/GENSCAN.html - Softberry http://linux1.softberry.com/berry.phtml - Phylogeny Programs http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html
Τελευταία Επικαιροποίηση
12-10-2021