ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ I -ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ

Πληροφορίες Μαθήματος
ΤίτλοςΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ I -ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ / BIOINFORMATICS I - COMPUTATIONAL BIOLOGY
ΚωδικόςNDM-08-04
ΣχολήΘετικών Επιστημών
ΤμήμαΠληροφορικής
Κύκλος / Επίπεδο1ος / Προπτυχιακό
Περίοδος ΔιδασκαλίαςΕαρινή
Υπεύθυνος/ηΧρήστος Ουζούνης
ΚοινόΌχι
ΚατάστασηΕνεργό
Course ID600020403

Πρόγραμμα Σπουδών: ΠΠΣ-Τμήμα Πληροφορικής (2019-σήμερα)

Εγγεγραμμένοι φοιτητές: 45
ΚατεύθυνσηΤύπος ΠαρακολούθησηςΕξάμηνοΈτοςECTS
ΓΕΝΙΚΗ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΟ ΚΑΤΑ ΕΠΙΛΟΓΗ635

Πληροφορίες Τάξης
ΤίτλοςΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ I -ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ
Ακαδημαϊκό Έτος2022 – 2023
Περίοδος ΤάξηςΕαρινή
Διδάσκοντες μέλη ΔΕΠ
Ώρες Εβδομαδιαία4
Ώρες Συνολικά52
Class ID
600219765
Τύπος Μαθήματος
Eιδίκευσης / Kατεύθυνσης
Τύπος Μαθήματος 2016-2020
  • Επιστημονικής Περιοχής
Τύπος Μαθήματος 2011-2015
Εμβάθυνσης / Εμπέδωσης Γνώσεων
Τρόπος Παράδοσης
  • Πρόσωπο με πρόσωπο
  • Eξ απoστάσεως εκπαίδευση
Ηλεκτρονική Διάθεση Μαθήματος
Erasmus
Το μάθημα προσφέρεται και σε φοιτητές προγραμμάτων ανταλλαγής.
Γλώσσα Διδασκαλίας
  • Ελληνικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
  • Αγγλικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
Προαπαιτήσεις
Γενικές Προαπαιτήσεις
πληροφορική, προγραμματισμός
Μαθησιακά Αποτελέσματα
Γνώσεις: Κατάρτιση των φοιτητών σε βασικές γνώσεις βιολογίας και υπολογιστικής βιολογίας. Η βιολογία σαν επιστήμη πληροφοριών. Αλγόριθμοι και βάσεις δεδομένων για μοριακή βιολογία. Βάσεις λειτουργικής γονιδιωματικής. Γονιδιωματική εξέλιξη και φυλογένεση. Υπολογιστικά προβλήματα για τις επιστήμες ζωής. Δεξιότητες: Απόκτηση ικανότητας αναγνώρισης και επιλογής πόρων και εργαλείων για υπολογιστική βιολογία. Επίλυση ερωτήσεων, επαναληψιμότητα, αναζήτηση βιβλιογραφικών και μοριακών πληροφοριών. Παρουσίαση εργασίας (ικανότητα επικοινωνίας, σωστή χρήση τεχνικών παρουσίασης, εξοικείωση με ερωτήσεις από το κοινό).
Γενικές Ικανότητες
  • Εφαρμογή της γνώσης στην πράξη
  • Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
  • Λήψη αποφάσεων
  • Αυτόνομη εργασία
  • Ομαδική εργασία
  • Εργασία σε διεπιστημονικό περιβάλλον
  • Παραγωγή νέων ερευνητικών ιδεών
  • Σχεδιασμός και διαχείριση έργων
  • Άσκηση κριτικής και αυτοκριτικής
  • Προαγωγή της ελεύθερης, δημιουργικής και επαγωγικής σκέψης
Περιεχόμενο Μαθήματος
Θεωρία: Εισαγωγή στη βιολογία, και στην υπολογιστική βιολογία. Πρόσβαση σε δεδομένα ακολουθιών (και άλλων στοιχείων), στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγος, BLAST και άλλες μέθοδοι αναζήτησης σε βάσεις δεδομένων, πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών, και φυλογένεση. Λειτουργική γονιδιωματική, από το DNA (συμπεριλαμβανομένων στοιχείων αλληλούχισης επόμενης γενεάς) στο RNA (συμπεριλαμβανομένου του RNASeq) και πρωτεινών. Το δένδρο της ζωής από άποψη γονιδιωματικής, ιοί, βακτήρια και αρχαία, και οι ευκαρυώτες. Εργαστήριο: αναζήτηση σε βάσεις δεδομένων, κατηγορίες εργαλείων. Επαναληψιμότητα προγραμμάτων έρευνας. Έλεγχος ποιότητας, και υπολογισμοί μεγάλης κλίμακας. Ασκήσεις προγραμματισμού, ολοκλήρωση δεδομένων και λογισμικού.
Λέξεις Κλειδιά
βιοπληροφορική, γονιδιωματική, υπολ. βιολογία, βιολογία συστημάτων
Τύποι Εκπαιδευτικού Υλικού
  • Σημειώσεις
  • Διαφάνειες
  • Βιντεοδιαλέξεις
  • Βιβλίο
Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών
Χρήση Τ.Π.Ε.
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στη Διδασκαλία
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Εργαστηριακή Εκπαίδευση
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Επικοινωνία με τους φοιτητές
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Αξιολόγηση των Φοιτητών
Περιγραφή
Το μάθημα είναι βασισμένο αποκλειστικά σε ΤΠΕ λόγω περιεχομένου.
Οργάνωση Μαθήματος
ΔραστηριότητεςΦόρτος ΕργασίαςECTSΑτομικάΟμαδικάErasmus
Διαλέξεις50
Εργαστηριακή Άσκηση20
Συγγραφή εργασίας / εργασιών25
Εξετάσεις
journal club5
Σύνολο100
Αξιολόγηση Φοιτητών
Περιγραφή
Περιγραφή Η αξιολόγηση του μαθήματος γίνεται με τους παρακάτω τρόπους: • Γραπτή εξέταση που συνεισφέρει το 40% του βαθμού του μαθήματος, • Εργαστηριακή άσκηση θα είναι το 30% του συνολικού βαθμού, • Προσομοίωση ερευνητικής εργασίας θα είναι το 30% του συνολικού βαθμού.
Μέθοδοι Αξιολόγησης Φοιτητών
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Πολλαπλής Επιλογής (Διαμορφωτική)
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Σύντομης Απάντησης (Διαμορφωτική)
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Εκτεταμένης Απάντησης (Διαμορφωτική)
  • Γραπτή Εργασία (Διαμορφωτική)
  • Γραπτή Εξέταση με Επίλυση Προβλημάτων (Διαμορφωτική)
Βιβλιογραφία
Βιβλιογραφία μαθήματος (Εύδοξος)
Βιοπληροφορική και Λειτουργική Γονιδιωματική, by Jonathan Pevsner publisher: Ακαδημαϊκές Εκδόσεις (2019) Language: Greek Σελίδες: 883 Εξώφυλλο: Μαλακό ISBN: 978-618-5135-17-1 http://www.bioinfbook.org/
Επιπρόσθετη βιβλιογραφία για μελέτη
Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis 2nd Edition, by David W. Mount publisher : Cold Spring Harbor Laboratory Press; 2nd edition (2004) Language: English Paperback : 692 pages ISBN-10 : 0879697121 ISBN-13 : 978-0879697129 http://www.bioinformaticsonline.org
Τελευταία Επικαιροποίηση
29-03-2023