Για την απόκτηση του Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) «Φυσική του Περιβάλλοντος» του Τμήματος Φυσικής οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται να ολοκληρώσουν επιτυχώς τον κύκλο μαθημάτων των 4 εξαμήνων ο οποίος αντιστοιχεί σε 120 ECTS (Υ.Α. 67145/Β7, ΦΕΚ 1889/2007/B7). Στα τρία πρώτα εξάμηνα (έκαστο 30 ECTS) οι μεταπτυχιακοί φοιτητές πρέπει να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε 10 μαθήματα Υποβάθρου-Γενικών γνώσεων και Επιστημονικής Περιοχής και Ανάπτυξης Δεξιοτήτων και σε 5 επιλεγόμενα μαθήματα Επιστημονικής Περιοχής και Ανάπτυξης Δεξιοτήτων. Το πρόγραμμα περιλαμβάνει συνολικά 12 επιλεγόμενα μαθήματα. Στο 4ο εξάμηνο (30 ECTS) οι φοιτητές εκπονούν τη Μεταπτυχιακή Διατριβή Ειδίκευσης την οποία παρουσιάζουν δημόσια και ακολούθως εξετάζονται από τριμελή επιτροπή.
Στόχος του προγράμματος είναι η παροχή υψηλού επιπέδου μεταπτυχιακής εκπαίδευσης ώστε να παράγει εξειδικευμένους φυσικούς-περιβαλλοντολόγους, ικανούς να ανταποκριθούν στις απαιτήσεις της αγοράς εργασίας για τη διαχείριση περιβαλλοντικών προβλημάτων, όπως η αέρια ρύπανση σε τοπική και παγκόσμια κλίμακα, οι επιπτώσεις από βιομηχανικές δραστηριότητες, και οι παγκόσμιες μεταβολές στην ατμόσφαιρα και το κλίμα. Ειδικότερα, οι απόφοιτοι του ΠΜΣ αποκτούν ικανότητες που τους επιτρέπουν: α) την ανάλυση περιβαλλοντικών δεδομένων, β) την εκτέλεση μετρήσεων περιβαλλοντικών παραμέτρων, γ) τη σύνταξη μελετών περιβαλλοντικών επιπτώσεων, και δ) τη χρήση εξειδικευμένου λογισμικού, συστημάτων GIS, ατμοσφαιρικών μοντέλων, βάσεων δεδομένων. Επιπλέον, οι απόφοιτοι αποκτούν την ικανότητα να εργάζονται, είτε αυτόνομα, είτε ομαδικά, σε ερευνητικές δραστηριότητες, σε πολλές περιπτώσεις στα πλαίσια διεθνών ερευνητικών προγραμμάτων, να αναζητούν νέες γνώσεις και να ενημερώνονται βιβλιογραφικά για τις τελευταίες εξελίξεις της επιστήμης, να παρουσιάζουν και να υποστηρίζουν το έργο τους σε τρίτους, ενώ γενικότερα εξοικειώνονται με την έρευνα για τη διερεύνηση τοπικών ,περιφερειακών και παγκόσμιων περιβαλλοντικών προβλημάτων. Τέλος οι απόφοιτοι αποκτούν μια ευρύτητα στις επιστημονικές γνώσεις γύρω από τη Φυσική του Περιβάλλοντος και την ευελιξία να προσαρμόζονται σε νέα ερευνητικά πεδία σχετικά, ή και απλώς συναφή, με το αντικείμενο των σπουδών τους.
Το επιστημονικό υπόβαθρο των αποφοίτων επιτρέπει την απορρόφησή τους σε φορείς που ασχολούνται με την εκπόνηση μελετών περιβαλλοντικών επιπτώσεων και τη λήψη και εκτέλεση αποφάσεων που αφορούν την πολιτική της προστασίας του περιβάλλοντος, της βιώσιμης ανάπτυξης και της πρόβλεψης των περιβαλλοντικών κινδύνων σε εθνικό και σε διεθνές επίπεδο. Επαγγελματικές ευκαιρίες απασχόλησης των αποφοίτων προσφέρονται σε Υπουργεία, ΟΤΑ, δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς, ΝΠΔΔ, βιομηχανίες, Οργανισμούς του δημοσίου, ΜΜΕ, καθώς και στη Δευτεροβάθμια και Τριτοβάθμια εκπαίδευση και τα διάφορα Ερευνητικά Ιδρύματα.