Για την απόκτηση του Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης του Διατμηματικού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών «Άθληση και Υγεία» των Τμημάτων Ιατρικής και ΤΕΦΑΑ, σύμφωνα με το ΦΕΚ3610/31-12-2014 ίδρυσης, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται να ολοκληρώσουν επιτυχώς τον κύκλο μαθημάτων των 4 εξαμήνων ο οποίος αντιστοιχεί σε 120 ECTS (Υ.Α. 67145/Β7, ΦΕΚ 1889/2007/B7). Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές πρέπει να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε 9 μαθήματα (Υποβάθρου- Γενικών γνώσεων, Επιστημονικής Περιοχής, Ανάπτυξης Δεξιοτήτων), που κατανέμονται ως εξής: α) στο 1ο εξάμηνο (30 ECTS) 3 μαθήματα, β) στο 2ο εξάμηνο (30 ECTS) 3 μαθήματα, και γ) στο 3ο εξάμηνο (30 ECTS) 3 μαθήματα. Στο 4ο εξάμηνο (30 ECTS) εκπονούν τη Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία την οποία παρουσιάζουν δημόσια και ακολούθως εξετάζονται.
Σκοπός του Μεταπτυχιακού προγράμματος είναι η διαρκής ανανέωση και προαγωγή της εξειδικευμένης επιστημονικής γνώσης και η παροχή υψηλής ποιότητας εκπαίδευσης σχετικά με τις εφαρμογές της επιστήμης της Ιατρικής στον αθλητισμό αλλά και της άσκησης στο ανθρώπινο σώμα. Ορισμένα από τα αντικείμενα διδασκαλίας είναι η πρόληψη, αξιολόγηση και αποκατάσταση αθλητικών κακώσεων, καρδιοαναπνευστικών και παθολογικών παθήσεων, η μεγιστοποίηση της αθλητικής απόδοσης, η θεραπευτική γυμναστική και η διαχείριση του μυοσκελετικού πόνου μέσω προγραμμάτων άσκησης.
Ειδικότερα, οι φοιτητές του ΔΠΜΣ «Άθληση και Υγεία» αρχικά εξοικειώνονται με τις βασικές αρχές της Ορθοπαιδικής και των μυοσκελετικών κακώσεων, της Ανατομικής και της Αθλητιατρικής. Στην πορεία μπορούν να εμβαθύνουν τις γνώσεις τους σε πιο εξειδικευμένα αντικείμενα της επιστήμης της Ιατρικής όπως αυτή εφαρμόζεται στην άθληση. Πιο συγκεκριμένα οι φοιτητές διδάσκονται τα αντικείμενα της Εργοφυσιολογίας, της Εμβιομηχανικής, της Αθλητικής Καρδιολογίας, της Διατροφής αλλά και της Παθολογίας των αθλουμένων, του Doping, των προγραμμάτων αποκατάστασης μετά από αθλητικές κακώσεις, το ρόλο της φυσικής δραστηριότητας στην πρόληψη παθήσεων αλλά και την εφαρμογή της σε ασθενής με χρόνιες παθήσεις ή ΑμΕΑ και άλλα ειδικά θέματα του τομέα της Αθλητιατρικής μέσα από διαλέξεις και εργαστήρια. Τέλος κάθε φοιτητής επιλέγει το αντικείμενο στο οποίο θα εντρυφήσει μέσω της διπλωματικής του εργασίας. Οι απόφοιτοι του Μεταπτυχιακού θα έχουν όλες τις απαραίτητες γνώσης για την εφαρμογή των παραπάνω αντικειμένων σε επαγγελματικό επίπεδο, θα γνωρίζουν τα αποτελέσματα της σύγχρονης έρευνας στον τομέα της Αθλητιατρικής.