Η ειδίκευση της Κλασικής Φιλολογίας - Αρχαία Ελληνική Φιλολογία αποσκοπεί: (α) στη μελέτη και την ερμηνεία κειμένων της αρχαίας ελληνικής λογοτεχνίας από το πρωτότυπο, (β) στην εξοικείωση των φοιτητών/-τριών με σύγχρονες τάσεις στον χώρο της αρχαίας ελληνικής φιλολογίας, όπως είναι η αφηγηματολογία, η πρόσληψη και η μετάφραση, οι σπουδές φύλου και η θεωρία της λογοτεχνίας, (γ) στην κριτική προσέγγιση θεωρητικών προβλημάτων που σχετίζονται με τα αρχαία ελληνικά λογοτεχνικά είδη, (δ) στην εξέταση της αρχαίας ελληνικής λογοτεχνίας σε σχέση με τα ιστορικά και πολιτισμικά συμφραζόμενα κάθε περιόδου, καθώς και στη συγκριτική της ανάγνωση με κείμενα της λατινικής λογοτεχνίας και (ε) στην εμβάθυνση στις βοηθητικές επιστήμες, όπως η παλαιογραφία, η παπυρολογία, η επιγραφική και η κριτική των κειμένων.
Η ειδίκευση της Κλασικής Φιλολογίας - Λατινική Φιλολογία αποσκοπεί: (α) στην περαιτέρω εξοικείωση των φοιτητών/-τριών με την ανάγνωση και την ερμηνεία κειμένων της λατινικής λογοτεχνίας, (β) στην ανάπτυξη και βελτίωση της κριτικής σκέψης των φοιτητών/-τριών, με σκοπό την εις βάθος ερμηνεία των λατινικών κειμένων, (γ) στην εξέταση θεωρητικών ζητημάτων που σχετίζονται με τα λογοτεχνικά είδη της λατινικής γραμματείας, (δ) στην ένταξη των κειμένων της λατινικής λογοτεχνίας στα ιστορικά και πολιτισμικά συμφραζόμενα διαφόρων περιόδων, καθώς και στη συγκριτική εξέταση των κειμένων αυτών με κείμενα της μεταγενέστερης λογοτεχνίας, και (ε) στην εξοικείωση των φοιτητών/-τριών με την παπυρολογία, την παλαιογραφία, την επιγραφική και την κριτική των κειμένων.
Επιπλέον της βασικής γνώσης της επιστήμης και του επαγγέλματός τους, οι απόφοιτοι του Π.Μ.Σ. έχουν την ικανότητα: (α) να εφαρμόζουν τη γνώση στην πράξη, (β) να επικοινωνούν σε μια δεύτερη γλώσσα, (γ) να αναζητούν, αναλύουν και συνθέτουν δεδομένα και πληροφορίες, κάνοντας χρήση της κατάλληλης τεχνολογίας, (δ) να προσαρμόζονται σε νέες καταστάσεις και να παίρνουν αποφάσεις, (ε) να εργάζονται αυτόνομα ή σε ομάδα σε διεθνές ή/και διεπιστημονικό περιβάλλον, (στ) να παράγουν νέες ιδέες και επιστημονική γνώση, να σχεδιάζουν και να διαχειρίζονται επιστημονικά και ερευνητικά έργα, (ζ) να σέβονται τη διαφορετικότητα, την πολυπολιτισμικότητα και το φυσικό περιβάλλον, (η) να επιδεικνύουν επαγγελματική, κοινωνική και ηθική υπευθυνότητα, και ευαισθησία σε θέματα φύλου, (θ) να έχουν ικανότητα κριτικής και αυτοκριτικής, και (ι) να προάγουν την ελεύθερη, παραγωγική και επαγωγική σκέψη.