ΜΟΔΙΠ - Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης

Πληροφορίες Μαθήματος
Τίτλος	ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ / BIOINFORMATICS
Κωδικός	GM.MGB.6.7
Σχολή	Θετικών Επιστημών
Τμήμα	Βιολογίας
Κύκλος / Επίπεδο	1ος / Προπτυχιακό
Περίοδος Διδασκαλίας	Εαρινή
Υπεύθυνος/η	Ηλίας Καππάς
Κοινό	Όχι
Κατάσταση	Ενεργό
Course ID	40001171

Πρόγραμμα Σπουδών: ΠΠΣ Τμήμα Βιολογίας (2017-σήμερα)

Εγγεγραμμένοι φοιτητές: 104


Κατεύθυνση	Τύπος Παρακολούθησης	Εξάμηνο	Έτος	ECTS
Μοριακή Βιολογία, Γενετική και Βιοτεχνολογία	Επιλογής Α	6	3	6
Περιβαλλοντική Βιολογία	Επιλογής	6	3	6
Γενική	Επιλογής	6	3	6

Πληροφορίες Τάξης
Τίτλος	ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Ακαδημαϊκό Έτος	2019 – 2020
Περίοδος Τάξης	Εαρινή
Διδάσκοντες μέλη ΔΕΠ	Σπυρίδων Γκέλης ^38ωρ Ηλίας Καππάς ^46ωρ Ζαχαρίας Σκούρας ^2ωρ
Ώρες Εβδομαδιαία	3
Ώρες Συνολικά	86
Class ID	600148429

Πρόγραμμα Τάξης

Κτίριο	Βιολογίας
Όροφος	Ισόγειο
Αίθουσα	ΑΙΘΟΥΣΑ Ι1 "ΜΠΑΜΠΑΛΩΝΑΣ ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ" (207)
Ημερολόγιο	Τετάρτη 17:00 έως 19:00

Τύπος Μαθήματος 2016-2020

Επιστημονικής Περιοχής
Ανάπτυξης Δεξιοτήτων

Τύπος Μαθήματος 2011-2015

Ειδικού Υποβάθρου / Κορμού

Τρόπος Παράδοσης

Πρόσωπο με πρόσωπο

Ηλεκτρονική Διάθεση Μαθήματος

e-Οδηγός Σπουδών https://qa.auth.gr/el/class/1/600148429
Στον ιστοχώρο του Τμήματος: http://www.bio.auth.gr/course/viopliroforiki
eLearning (Moodle):

Γλώσσα Διδασκαλίας

Ελληνικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
Αγγλικά (Διδασκαλία, Εξέταση)

Προαπαιτήσεις

Γενικές Προαπαιτήσεις

ΜΟΡΙΑΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ, ΓΕΝΕΤΙΚΗ, ΕΞΕΛΙΞΗ ΚΑΙ ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΘΥΣΜΩΝ.

Μαθησιακά Αποτελέσματα

Κατάρτιση σε εφαρμογές της πληροφορικής πάνω στην οργάνωση και κατανόηση της βιολογικής πληροφορίας. Εξοικείωση με τη διαχείριση, τον έλεγχο και την ανάλυση μοριακών δεδομένων με απώτερο σκοπό την εξαγωγή βιολογικών συμπερασμάτων. Απόκτηση ικανότητας χρήσης των πολυάριθμων βάσεων δεδομένων βιολογικής πληροφορίας μέσω του διαδικτύου. Εξοικείωση με εργαλεία ανάκτησης, σύγκρισης και ανάλυσης βιολογικής πληροφορίας. Εξοικείωση με τη χρήση προγραμμάτων ηλεκτρονικών υπολογιστών και εξυπηρετητών διαδικτύου για την εύρεση ομολογίας, τη γενετική ανάλυση, την ανάλυση γονιδιωμάτων, τον καθορισμό τρισδιάστατης δομής μακρομορίων, τη φυλογενετική ανάλυση αλληλουχιών DNA και αμινοξέων. Θεωρητική κατάρτιση στα μοντέλα εξέλιξης και εξοικείωση με τα βασικά βήματα και τις ποικίλες εφαρμογές των φυλογενετικών αναλύσεων.

Γενικές Ικανότητες

Εφαρμογή της γνώσης στην πράξη
Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
Αυτόνομη εργασία
Ομαδική εργασία
Εργασία σε διεθνές περιβάλλον
Εργασία σε διεπιστημονικό περιβάλλον
Παραγωγή νέων ερευνητικών ιδεών

Περιεχόμενο Μαθήματος

Διαλέξεις: Ορισμός, σχεδιασμός και δομή μιας βάσης δεδομένων. Στρατηγικές αναζήτησης. Ανάλυση και αξιολόγηση αποτελεσμάτων αναζήτησης. Ανάλυση ακολουθιών DNA και αμινοξέων. Πρόβλεψη πρωτεϊνικών δομών. Ανάλυση μοτίβων. Σχεδιασμός εκκινητών. Στοίχιση και εύρεση ομολογίας αλληλουχιών. Μοντέλα εξέλιξης. Κατασκευή και αξιολόγηση φυλογενετικών δέντρων. Μελλοντική βιοπληροφορική και εξελίξεις στην υπολογιστική βιολογία. Εργαστήρια: Χρήση βάσεων δεδομένων και στρατηγικές αναζήτησης. Ανάλυση ακολουθιών DNA και αμινοξέων. Στοίχιση αλληλουχιών. Χρήση εξυπηρετητών διαδικτύου για εύρεση ομολογίας. Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων.

Λέξεις Κλειδιά

Βιοπληροφορική, Υπολογιστική βιολογία, Στοίχιση αλληλουχιών, Φυλογένεση, Βάση δεδομένων

Τύποι Εκπαιδευτικού Υλικού

Διαφάνειες
Διαδραστικές ασκήσεις
Βιβλίο

Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών

Χρήση Τ.Π.Ε.

Χρήση Τ.Π.Ε. στη Διδασκαλία
Χρήση Τ.Π.Ε. στην Εργαστηριακή Εκπαίδευση
Χρήση Τ.Π.Ε. στην Επικοινωνία με τους φοιτητές
Χρήση Τ.Π.Ε. στην Αξιολόγηση των Φοιτητών

Περιγραφή

Παρουσιάσεις σε Power Point, χρήση νησίδας υπολογιστών και ηλεκτρονική επικοινωνία με τους φοιτητές.

Οργάνωση Μαθήματος

Δραστηριότητες	Φόρτος Εργασίας	ECTS	Ομαδικά
Διαλέξεις	30	1,2	✓
Σεμινάρια	2	0,1	✓
Εργαστηριακή Άσκηση	20	0,8	✓
Μελέτη και ανάλυση βιβλίων και άρθρων	60	2,4
Φροντιστήριο	2	0,1	✓
Διαδραστική διδασκαλία στο Υπολογιστικό Κέντρο	12	0,5	✓
Εξετάσεις	24	1,0
Σύνολο	150	6

Αξιολόγηση Φοιτητών

Περιγραφή

1. Γραπτή εξέταση στην ύλη του μαθήματος (75% του τελικού βαθμού). ΕΞέταση με δοκιμασία πολλαπλών επιλογών και απάντηση σε ερωτήσεις γνώσης ή κρίσης. 2. Eργαστηριακές εξετάσεις γραπτές (25% του τελικού βαθμού): Περιλαμβάνει αξιολόγηση εργαστηριακής άσκησης.

Μέθοδοι Αξιολόγησης Φοιτητών

Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Πολλαπλής Επιλογής (Συμπερασματική)
Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Σύντομης Απάντησης (Συμπερασματική)
Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Εκτεταμένης Απάντησης (Συμπερασματική)
Γραπτή Εργασία (Διαμορφωτική, Συμπερασματική)
Γραπτή Εξέταση με Επίλυση Προβλημάτων (Συμπερασματική)

Βιβλιογραφία

Βιβλιογραφία μαθήματος (Εύδοξος)

Baxevanis A.D. & Ouellette F. (Ελληνική έκδοση). 2004. Βιοπληροφορική. Επιστημονικές Εκδόσεις Παρισιάνου Α.Ε. Αθήνα (Επιμέλεια ελληνικής έκδοσης: Ευάγγελος Ν. Μουδριανάκης, Σταύρος Ι. Χαμόδρακας).

Επιπρόσθετη βιβλιογραφία για μελέτη

β1. Μπάγκος Π.Γ. 2015. Βιοπληροφορική. Ελληνικά Ακαδημαϊκά Ηλεκτρονικά Συγγράμματα και Βοηθήματα (www.kallipos.gr). β2. Ηλεκτρονικό υλικό στο Blackboard β3. Χρήσιμες ιστοσελίδες - National Center for Biotechnology Information (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ - European Bioinformatics Institute (EBI) http://www.ebi.ac.uk/ - Ensembl Genome Browser http://www.ensembl.org/index.html - PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed - Bionformatics (Oxford Journals) http://bioinformatics.oxfordjournals.org/ - Nucleic Acids Research (Oxford Journals) http://nar.oxfordjournals.org/ - Sequence Retrieval System (SRS) http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+srsq2+-noSession - Codon Usage Database http://www.kazusa.or.jp/codon/ - The Restriction Enzyme Database (REBASE) http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html - Genomatix Software Suite http://www.genomatix.de/cgi-bin/tools/tools.pl - Bioweb (Institut Pasteur) http://bioweb2.pasteur.fr/ - The GENSCAN Web Server at MIT http://genes.mit.edu/GENSCAN.html - Softberry http://linux1.softberry.com/berry.phtml - Phylogeny Programs http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html

Τελευταία Επικαιροποίηση

15-02-2020