ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΜΕΓΑΛΗΣ ΚΛΙΜΑΚΑΣ ΑΠΟ ΦΑΙΝΟΤΥΠΙΚΗ ΚΑΙ ΓΕΝΟΤΥΠΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ
| Τίτλος | ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΜΕΓΑΛΗΣ ΚΛΙΜΑΚΑΣ ΑΠΟ ΦΑΙΝΟΤΥΠΙΚΗ ΚΑΙ ΓΕΝΟΤΥΠΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ / Bioinformatic applications for high-throughput phenomics and genomics data analysis |
| Κωδικός | GPP110 |
| Σχολή | Γεωπονίας, Δασολογίας και Φυσικού Περιβάλλοντος |
| Τμήμα | Γεωπονίας |
| Κύκλος / Επίπεδο | 2ος / Μεταπτυχιακό, 3ος / Διδακτορικό |
| Περίοδος Διδασκαλίας | Χειμερινή |
| Υπεύθυνος/η | Αλέξιος Πολύδωρας-Πολύδωρος |
| Κοινό | Ναι |
| Κατάσταση | Ενεργό |
| Course ID | 600017391 |
Πρόγραμμα Σπουδών: Πρόγραμμα μεταπτυχιακών Σπουδών Γενετική, Βελτίωση φυτών και Παραγωγή Πολλαπλασιαστικού Υλικού
Εγγεγραμμένοι φοιτητές: 9
| Κατεύθυνση | Τύπος Παρακολούθησης | Εξάμηνο | Έτος | ECTS |
|---|---|---|---|---|
| ΚΟΡΜΟΣ - Υποχρεωτικά & Επιλογής | Επιλογής | 3 | 2 | 7 |
| Τίτλος | ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΜΕΓΑΛΗΣ ΚΛΙΜΑΚΑΣ ΑΠΟ ΦΑΙΝΟΤΥΠΙΚΗ ΚΑΙ ΓΕΝΟΤΥΠΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ |
| Ακαδημαϊκό Έτος | 2020 – 2021 |
| Περίοδος Τάξης | Χειμερινή |
| Διδάσκοντες μέλη ΔΕΠ |
|
| Διδάσκοντες άλλων Κατηγοριών | |
| Ώρες Εβδομαδιαία | 4 |
| Ώρες Συνολικά | 52 |
| Class ID | 600179239
|
Τύπος Μαθήματος 2011-2015
Εμβάθυνσης / Εμπέδωσης Γνώσεων
Τρόπος Παράδοσης
- Πρόσωπο με πρόσωπο
- Eξ απoστάσεως εκπαίδευση
Ηλεκτρονική Διάθεση Μαθήματος
- e-Οδηγός Σπουδών https://qa.auth.gr/el/class/1/600179239
- eLearning: https://elearning.auth.gr/course/view.php?id=12521
Erasmus
Το μάθημα προσφέρεται και σε φοιτητές
προγραμμάτων ανταλλαγής.
Γλώσσα Διδασκαλίας
- Ελληνικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
- Αγγλικά (Εξέταση)
Περιεχόμενο Μαθήματος
Συλλογή και ανάλυση δεδομένων από συστήματα αισθητήρων για την αυτόματη ανίχνευση και χαρτογράφηση απειλών (ζιζανίων, μυκήτων, ιών και εντόμων) σε καλλιέργειες, καθώς και ανίχνευση, αναγνώριση και χαρτογράφηση καταπονήσεων σε καλλιέργειες. Μέτρηση παραγωγής σε οπωρώνες και μεγάλες καλλιέργειες με την χρήση νέων τεχνολογιών (RTK-GPS, zigbee, ambient computing). Συστήματα ιχνηλασιμότητας προϊόντων και εργασιών εντός αγρού με χρήση νέων τεχνολογιών (RFID, barcode, GPS, zigbee, wearable computers, κλπ). Aπεικονιστικοί αισθητήρες λήψης δεδομένων φαινοτυπικής αποτύπωσης (ορατό, υπέρυθρο, υπερφασματικοί, φθορισμού, θερμικοί, LIDAR). Επίγειες και εναέριες πλατφόρμες μεταφορά των αισθητήρων (πλατφόρμες φαινοτυπικής αποτύπωσης, UAVs). Τεχνικές απεικόνισης φαινοτυπικών παραμέτρων φυτών (δείκτες βλάστησης, δείκτης φυλλικής επιφάνειας, φυτοκάλυψη, ύψος φυτών, καταπόνηση από βιοτικούς και αβιοτικούς παράγοντες, βιομάζα, παραγωγή). Επεξεργασία εικόνας για εκτίμηση παραμέτρων. Συλλογή και ανάλυση δεδομένων αλληλούχισης γονιδιώματος. Πρόσβαση και απόκτηση δεδομένων από βάσεις αλληλουχιών. Αξιολόγηση δεδομένων αλληλούχισης, λογισμικά και πλατφόρμες επεξεργασίας αλληλουχίας. Σχολιασμός (Annotation), γονιδιακή οντολογία (Gene Ontology), σύνδεση με βάσεις δεδομένων μεταβολικών μονοπατιών σε αλληλουχίες που αποκτούνται με μαζική παράλληλη αλληλούχιση νέας γενιάς (Next Generation Sequencing). Ανάλυση περιβαλλοντικών μικροβιωμάτων. Λογισμικά ανάλυσης μεταγραφώματος, πρωτεώματος, μεταβολώματος.
Τύποι Εκπαιδευτικού Υλικού
- Σημειώσεις
- Διαφάνειες
- Πολυμεσικό υλικό
Τελευταία Επικαιροποίηση
21-01-2021
