ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΣΗ DNA ΝΕΑΣ ΓΕΝΙΑΣ
| Τίτλος | ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΣΗ DNA ΝΕΑΣ ΓΕΝΙΑΣ / NEXT GENERATION SEQUENCING |
| Κωδικός | APBC.01.03 |
| Σχολή | Θετικών Επιστημών |
| Τμήμα | Βιολογίας |
| Κύκλος / Επίπεδο | 2ος / Μεταπτυχιακό, 3ος / Διδακτορικό |
| Περίοδος Διδασκαλίας | Χειμερινή/Εαρινή |
| Υπεύθυνος/η | Αλέξανδρος Τριανταφυλλίδης |
| Κοινό | Όχι |
| Κατάσταση | Ενεργό |
| Course ID | 600022122 |
Πρόγραμμα Σπουδών: ΔΙΠΜΣ ΕΦΑΡΜΟΣΜΕΝΗ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ 2022
Εγγεγραμμένοι φοιτητές: 30
| Κατεύθυνση | Τύπος Παρακολούθησης | Εξάμηνο | Έτος | ECTS |
|---|---|---|---|---|
| ΚΟΡΜΟΣ | Υποχρεωτικό | 1 | 1 | 6 |
| Τίτλος | ΑΛΛΗΛΟΥΧΙΣΗ DNA ΝΕΑΣ ΓΕΝΙΑΣ |
| Ακαδημαϊκό Έτος | 2025 – 2026 |
| Περίοδος Τάξης | Χειμερινή |
| Διδάσκοντες μέλη ΔΕΠ | |
| Διδάσκοντες άλλων Κατηγοριών | |
| Ώρες Εβδομαδιαία | 9 |
| Ώρες Συνολικά | 28 |
| Class ID | 600289741
|
Τύπος Μαθήματος
Ειδικού Υποβάθρου
Τρόπος Παράδοσης
- Πρόσωπο με πρόσωπο
- Eξ απoστάσεως εκπαίδευση
Ηλεκτρονική Διάθεση Μαθήματος
- e-Οδηγός Σπουδών https://qa.auth.gr/el/class/1/600289741
- eLearning (Moodle): https://elearning.auth.gr/course/view.php?id=17265
Γλώσσα Διδασκαλίας
- Αγγλικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
Μαθησιακά Αποτελέσματα
Με την επιτυχή ολοκλήρωση του μαθήματος, οι φοιτητές θα:
1) κατανοούν και θα επεξεργάζονται δεδομένα αλληλούχισης DNA από διαφορετικές πλατφόρμες αλληλούχισης DNA νέας γενιάς
2) εξοικειωθούν με τα συνηθέστερα πρωτόκολλα αλληλούχισης DNA νέας γενιάς
3) μπορούν να αναλύσουν δεδομένα έκφρασης μεταγραφωμάτων, ddRAD και barcoding
4) μπορούν να διεξάγουν στατιστική ανάλυση μοριακών μονοπατιών και γονιδιακών οντολογιών σε λίστες γονιδίων
5) εξοικειωθούν με τις παραπάνω αναλύσεις σε περιβάλλοντα R, python και UNIX/Linux.
Γενικές Ικανότητες
- Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
- Εργασία σε διεπιστημονικό περιβάλλον
Περιεχόμενο Μαθήματος
Τα περιεχόμενα του μαθήματος περιλαμβάνουν: 1) εισαγωγή στη φύση και επεξεργασία δεδομένων αλληλούχισης DNA (π.χ. φιλτράρισμα) από διάφορες πλατφόρμες αλληλούχισης DNA νέας γενιάς, 2) θεωρία και πρακτική άσκηση πάνω στα περισσότερο δημοφιλή πρωτόκολλα αλληλούχισης DNA νέας γενιάς όπως (α) υβριδική αλληλούχιση πλήρων γονιδιωμάτων μικρού και μεσαίου μεγέθους, (β) σύνθεση, ποσοτικοποίηση, και ανάλυση έκφρασης μεταγραφωμάτων, (γ) ddRAD, και (δ) eDNA και barcoding, 3) περιγραφή γονιδίων και στατιστική ανάλυση μοριακών μονοπατιών και γονιδιακών οντολογιών σε λίστες γονιδίων. Σημαντικό μέρος των πρακτικών ασκήσεων θα γίνει σε περιβάλλοντα R, python και UNIX/Linux.
Τύποι Εκπαιδευτικού Υλικού
- Διαφάνειες
- Βιντεοδιαλέξεις
- Διαδραστικές ασκήσεις
Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών
Χρήση Τ.Π.Ε.
- Χρήση Τ.Π.Ε. στη Διδασκαλία
- Χρήση Τ.Π.Ε. στην Εργαστηριακή Εκπαίδευση
- Χρήση Τ.Π.Ε. στην Επικοινωνία με τους φοιτητές
- Χρήση Τ.Π.Ε. στην Αξιολόγηση των Φοιτητών
Οργάνωση Μαθήματος
| Δραστηριότητες | Φόρτος Εργασίας | ECTS | Ατομικά | Ομαδικά | Erasmus |
|---|---|---|---|---|---|
| Διαλέξεις | 90 | 3,6 | |||
| Εκπαιδευτικές επισκέψεις και παρακολούθηση συνεδρίων / σεμιναρίων / εκδηλώσεων | 6 | 0,2 | |||
| Συγγραφή εργασίας / εργασιών | 16 | 0,6 | |||
| Εξετάσεις | 38 | 1,5 | |||
| Σύνολο | 150 | 6 |
Αξιολόγηση Φοιτητών
Μέθοδοι Αξιολόγησης Φοιτητών
- Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Πολλαπλής Επιλογής (Συμπερασματική)
- Γραπτή Εξέταση με Επίλυση Προβλημάτων (Συμπερασματική)
- Έκθεση / Αναφορά (Συμπερασματική)
Τελευταία Επικαιροποίηση
28-01-2024
