Από 25-1-1987 μέχρι 18-11-1987 και από 21-1-1988 μέχρι 4-4-1988 εργάσθηκε ως μεταπτυχιακός σπουδαστής στην Β’ Παθολογική Κλινική του Πανεπιστημίου Αθηνών, υπό την επίβλεψη του Καθηγητή κ. Σ.Χατζηγιάννη στο θέμα που αφορούσε το εγκεκριμένο από την Διεύθυνση Δημοσίας Υγιεινής του Υπουργείου Υγείας πρόγραμμα με τίτλο: «Διερεύνηση της σχέσης μεταξύ δεικτών πολλαπλασιασμού ιών ηπατίτιδας Β και δ και διασπορά της λοιμώξεως δ στην κοινότητα Αρχαγγέλου Ρόδου». Σύμφωνα με τη νομοθεσία, η συστηματική συμμετοχή του στο πρόγραμμα, πρόσφερε απαλλαγή υποχρέωσης υπηρεσίας υπαίθρου.
Κατά το διάστημα 19/11/1987 έως 19/11/1989 υπηρέτησε τη στρατιωτική του θητεία ως έφεδρος αξιωματικός Υγειονομικού. Κατά τη διάρκεια της Στρατιωτικής του θητείας και έως τον Μάρτιο του 1991, εκτός από μεταπτυχιακός σπουδαστής στην Β’ Παθολογική Κλινική του Πανεπιστημίου Αθηνών, είχε επιπλέον ερευνητική δραστηριότητα ως μεταπτυχιακός σπουδαστής στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων υπό την επίβλεψη του Καθηγητή κ. Χ.Μουτσόπουλου, όπως προκύπτει από την συμμετοχή του στις δημοσιεύσεις (Γ-26, Γ-27, Γ-28, Α-2) του εν λόγω Τμήματος, μία εκ των οποίων τιμήθηκε με το Β’ Βραβείο του επάθλου «Σωτήρης Παπασταμάτης», της Ιατρικής Εταιρείας Αθηνών για τους Έλληνες ερευνητές.
Από 13-3-1991 μέχρι 12-1-1995 ασκήθηκε στην Εσωτερική Παθολογία στην Α’ Παθολογική Κλινική του Π.Γ.Ν. «Γ.Παπανικολάου» της Θεσσαλονίκης υπό τη διεύθυνση του κ. Αντωνίου Μηλιώνη. Από 15-1-1995 μέχρι 15-2-1999 ασκήθηκε στην Γαστρεντερολογία στο τμήμα Ηπατολογίας και Γαστρεντερολογίας του Δωδέκατου Πανεπιστημίου των Παρισίων και στη Γαστρεντερολογική Κλινική του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Henri Mondor, υπό τη διεύθυνση του Καθηγητή Daniel DHUMEAUX. Στο διάστημα αυτό παράλληλα με τη νοσηλεία των ασθενών, πραγμαποίησε 1500 διαγνωστικές και επεμβατικές ενδοσκοπήσεις ανωτέρου και κατωτέρου πεπτικού, όπως βεβαιώνεται από σχετικά έγγραφα του Καθηγητή Daniel DHUMEAUX και του διευθυντή του Ενδοσκοπικού και Γαστρεντερολογικού τμήματος, Καθηγητή Jean Charles DELCHIER. Παράλληλα, ο κ. Γερμανίδης πραγματοποίησε ερευνητική δραστηριότητα στην κλινική και μοριακή ιολογία των ιογενών ηπατιτίδων B και C, στο Τμήμα Ιολογίας και στη Μονάδα έρευνας INSERM U635 του Νοσοκομείου Henri Mondor, υπό την επίβλεψη και καθοδήγηση του Καθηγητή Jean-Michel PAWLOTSKY, Γενικού Γραμματέα της Ευρωπαϊκής Εταιρείας για την Μελέτη του Ήπατος-EASL (2005-2009). Η ερευνητική δραστηριότητα, πλην της συστατικής επιστολής του Καθηγητή Jean-Michel PAWLOTSKY, τεκμαίρεται από 13 πλήρεις δημοσιεύσεις σε διεθνή περιοδικά (Γ-13 έως Γ-25) και 36 ανακοινώσεις σε διεθνή συνέδρια (Δ-31 έως Δ-50 και Η-3 έως Η-18).
Μετά την επάνοδό του στην Ελλάδα (15-7-1999), απέκτησε το 1999 τον τίτλο της ειδικότητας της Γαστρεντερολογίας (Αρ.Πρωτ. Γ2/27.472/3-8-1999 της Νομαρχίας Θεσσαλονίκης).
